Veel gezondheidsproblemen worden in verband gebracht met dit ras en zijn naaste verwant, de Perzische. Omdat de vorm van het hoofd korter is en het gezicht afgeplat, kunnen misvormingen van de kaak optreden, wat kan leiden tot tandziekten en problemen met eten en drinken. Kleine neusgaten en een lang zacht gehemelte kunnen ook tot ademhalingsproblemen leiden. Het is mogelijk dat de traanbuisjes niet hun natuurlijke pad volgen, wat leidt tot drainage uit de ogen, waardoor het gezicht voortdurend nat wordt. Huiduitslag en gezichtspijn kunnen het gevolg zijn. De platte aard van het gezicht verhoogt ook het risico op oogziekten. De exotische korthaar draagt mogelijk een dominant gen dat polycystische nierziekte (PKD) veroorzaakt, een ziekte die zich ontwikkelt tot een toestand van nierfalen als gevolg van de ontwikkeling van cysten in de nieren. In de jaren negentig, toen een screeningstest op de markt werd gebracht, werd deze aanleg bij meer dan een derde van de Perzen en exotische kortharen vastgesteld. Fokkers proberen tegenwoordig het probleem uit te roeien door middel van selectie, maar vragen altijd om de PKD-testresultaten te zien van de ouders van het kitten dat u koopt.